Troya'daki kutsal alan ve tapınak M.S. 500'lerdeki iki depremle tümüyle yıkılır
Troya'daki Bizans Dönemi, tıpkı önceki dönemlerde olduğu gibi yine büyük bir savaşa şahit olmuştur. MS 324 yılında Bizans İmparator'u Konstantinus'un ve Licinius'un orduları, İlion'a çok uzak olmayan Aianteion'da karşı karşıya gelmiş ve üstünlük sağlayan Konstantinus, Akdeniz Bölgesi'nin tek hükümdarı olmuştur. Konstantinus da diğer hükümdarların yaptığı gibi, Ilion'u (Troya) ziyaret etmiştir. 5. yüzyılın ikinci yarısından itibaren İlion'da büyük değişiklikler olmuştur; ancak MS 500'lerdeki bir deprem, akropolis ve onun yakın çevresindeki yapılarını yıkmıştır. Kentte hayat bu deprem sonrasında kısmen devam etmiş olsa da; daha da şiddetli ikinci depremden sonra, İlion büyük oranda boşaltılmıştır. 6. yüzyılda aşağı kentte çok zayıf da olsa insanlar yaşamaktadırlar; ancak Ilion yıkıntı halindedir. Özellikle bu dönemden sonra, Hristiyanlık merkezinin İstanbul'da olması da, "çok tanrılı dinlerin kenti olan" İlion'a olan ilgiyi azaltmıştır. İlion'daki bir başpiskoposluk merkezinde iki dinin tanrılarına tapılmış olsa da, bu dönem çok kısa sürmüştür. Hristiyanlık dininin baskısı sonrasında çok tanrılı dinler yasaklanmış ve böylece İlion (Troya) unutulmaya başlamıştır. Artık 12. yüzyılın sonları ile 13. yüzyılın başlarından İlion'da yeni bir yerleşmeye işaret eden izler yok gibidir. 14. yüzyılın ortalarında Osmanlılar, Çanakkale Boğazı'nı ele geçirdiğinde ise İlion'da artık bir yerleşim olduğuna dair hiçbir iz bulunmamaktadır.
