Son kazı sonuçlarına göre Troya, MO 1180'lerde kaybedilen bir savaşla (Troya Savaşı?) yıkılır. Daha sonra ise yaklaşık MÖ 1150 ile MÖ 950 arasında Balkan karakterli kültürün etkisinde kalır. Yerleşmede yaklaşık MÖ 950'den MÖ 700'lere kadar bir boşluk ya da çok zayıf bir yerleşme söz konusudur. Bu dönemden sonra burası kültsel bir anlam kazanarak yerleşilmeye devam edilir. Söz konusu bu yerleşim silsilesi MÖ 13. yüzyıla kadar devam etmektedir. Bu yerleşme sonrasında, yeni bir yerleşme izine rastlanmıyor. Yaklaşık yüzyıl boşluktan sonra Troya'nın yakınlarında 14. yüzyıldan itibaren Türk ve Rum yerleşmeleri görülmeye başlıyor. Türklerin Troas Bölgesi'ne kesin olarak yerleşmeleri ise 1309 yılında başlamaktadırlar. Türklerin bölgeyi kesin kontrollerine almaları ise, 1354 Süleyman Paşa'nın Gelibolu'nu fethetmesiyle olur. Özellikle bu tarihten sonra Troya'nın çevresindeki Türk yerleşmelerinin sayısı artar. Örenyerinin hemen yakınındaki Tevfikiye Köyü 1877-1878 Osmanlı-Rus Savaşı'ndan (93 Harbi) kaçan muhacirler tarafından kurulmuştur. Troya'ya bir kaç metre uzaklıktaki Çıplak Köyü ise 15. yüzyılın başlarında kurulmuştur.