Özellikle Hellenistik ve Roma Döneminde görkemli Atena Tapınağı'nın yanısıra Kutsal Alan'da da pekçok dini yapı inşaa edilir.
Troya'nın MÖ 1180'lerde bir savaşla yıkılmasından sonra, kent savunma özelliklerini kaybetmiş, yaklaşık MÖ 1000'e kadar buraya yerleşen başka bir kültür tarafından yönetilmiştir. Daha sonra ise, tüm Akdeniz ve Anadolu için geçerli olan "Karanlık Çağlar" (yaklaşık MÖ 950-720/700) burada da başlamıştır. Bu dönemde Troya da çok ama çok zayıf bir yerleşme görülür; ancak Son Tunç Çağı duvarları bir harabe olarak eski görkemini akıllara getirmektedir. MÖ 8. yüzyılda Akdeniz bölgesinde ticaretin yeniden canlanması sonrasında, Anadolu'nun batısından ticaret kolonisi kentler kurulmaya başlar. İşte bu dönemin başlangıcında yaklaşık MÖ 700'ler ve sonrasında, yani Homeros'un yaşadığı çağda, Hisarlık Tepe'ye (Troya) gelen Anadolu Grekleri tarafından, kutsal alanın en eski yapısı inşa edilir. Ancak adak hediyelerinin gösterdiği gibi, burası sadece Homeros'un yaşadığı dönemde değil, aynı zamanda ondan önce de "kutsal" bir kent olarak kabul görmüştür. Özellikle MÖ 3. yüzyıldan itibaren, Troya Savaşı'nın geçtiği "kutsal İlion kenti" olarak bilinçli bir şekilde saygı görür ve kaledeki Athena Tapınağı ve onun dışında, batıdaki kutsal alanda oldukça görkemli dini yapılar inşa edilir.
Özellikle Hellenistik ve Roma Döneminde görkemli Atena Tapınağı'nın yanısıra Kutsal Alan'da da pekçok dini yapı inşaa edilir.