Milli Park planının daha 70'li yıllarda belirlenmiş olması, bölgeyi, Türkiye kıyılarında çok yaygın olan ikinci konut baskısından kurtarmıştır. Bu nedenle de yörede tarım dışı bir kullanım isteği olmamıştır. Milli Park sınırları içinde beş farklı mülkiyet söz konusudur. Bunlar içinde özel mülkiyete konu alanlar en yüksek yer tutarken, bunu orman ve hazine mülkiyetindeki alanlar izlemektedir. Alanın kuzeybatısında iki askeri alan bulunmaktadır. Arazi sahipliğine ilişkin en önemli sorun alanın Milli Park içindeki yaygın özel mülkiyettir. Yörenin temelde korunmuş olmasına karşın, kamu denetiminde arazilerin tarım amaçlı kullanımına dönüştürülmesi de sürmektedir. Troya Milli Parkı'na ilişkin çalışmalar daha 70'li yıllarda yapılırken bir arazi politikası geliştirilmemiş, sadece sınır belirlenmesi ve sit tanımlamalarıyla yetinilmiştir. Son yıllarda Troya Arkeolojik Sit alanı genişletilmiş olmakla beraber, turistlerin gezdiği Troya kalesi dışındaki aşağı kentin bir kısmı da özel mülkiyettedir.